Für einen Vaterschaftstest werden nicht codierte Bereiche der DNA untersucht, diese DNA kann man praktisch aus allen menschlichen Zellen gewinnen. Die häufigste und gebräuchlichste Probe ist mittlerweile der Mundschleimhautabstrich welcher einfach, sicher und unkompliziert entnommen werden kann.

Bei gerichtlich angeordneten Vaterschaftstest wird auch noch heute oft Blut entnommen, das hat den Grund das hier eine größere Menge an Material zur Verfügung steht, auf die Sicherheit hat es aber keinen Einfluss.

Vor Inkrafttreten des Gendiagnostikgesetz wurden aufgrund von heimlichen Vaterschaftstest auch Proben wie Schnuller, Haare und andere Dinge untersucht und daraus DNA gewonnen, dieses hat aber einen höheren Kostenaufwand verursachte.

Da nach dem neuen Gendiagnostikgesetz heimliche Vaterschaftstest in Deutschland verboten sind bzw mit einer Ordnungswidrigkeit geahndet werden, spielen solche Proben kaum noch eine Rolle. Solche Proben werden nur noch in besonderen Fällen zu tragen kommen. Wenn z.B. nach dem Tod des vermutlichen Vaters noch ein Vaterschaftstest durchgeführt werden soll und man noch solche Spuren nur noch an privaten Sachen findet.

Die gängigsten Proben sind die sogenannten Mundschleimhautabstriche aus denen unproblematisch und sicher die erforderliche DNA gewonnen werden kann. Diese Methode wird auch von den Kriminalämtern angewandt, wenn DNA verglichen werden soll.

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