Ein privater Vaterschaftstest unterscheidet sich grundsätzlich nicht in der Form der Auswertung der Proben. Bei gerichtlich angeordneten, sowie auch bei privaten Vaterschaftstest werden die gleichen nicht codierten DNA Bereiche ausgewertet. Viele private Labore arbeiten mit den Gerichten zusammen und werden von den Gerichten beauftragt einen Vaterschaftstest durchzuführen.